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轉錄因子基因組探索者

文章作者:www.utbltn.icu發布時間:2019-12-24瀏覽次數:1825

轉錄因子(TFs)是調節基因轉錄的蛋白質,這是制造蛋白質的第一步。 TF的工作方式是搜索整個基因組并與調控基因的特定區域結合,使它們“開啟”或“關閉”。已知TF不僅結合特定的DNA序列,還結合非特異性DNA結合。

這種非特異性結合可以顯著增加TF通過允許它們沿著DNA滑動而找到其特定靶位點的能力。然而,我們不了解超過1,500個人類TF在效率上如何改變以掃描大量基因組,定位和結合特定位點。

現在,EPFL生物工程研究所的David Suter實驗室已經找到了一種方法來預測不同TF在掃描活細胞基因組中的效率。他們的研究結果發表在Nature Communications雜志上。科學家通過研究它們如何與“有絲分裂”染色體結合來研究小鼠中的501個TF,這是一種與TF以非特異性方式結合DNA的能力相關的特性。

利用光漂白實驗和單分子成像,科學家們已經發現TFs在細胞核中的運動及其在尋找結合位點的效率可以通過有絲分裂染色體結合來預測。

通過將這些實驗與全基因組中的TF作圖相結合,他們發現不同的TF在發現其位點的能力上有三個數量級的變化。因此,具有強非特異性DNA結合特性的TF與有絲分裂染色體結合,在細胞核中緩慢移動,并且特別有效地發現它們需要結合的特定序列以調節基因表達。

“轉向因子在掃描基因組以找到其特異性結合位點的能力差異很大,這些差異可以通過簡單地觀察它們與有絲分裂染色體結合的程度來預測,”David Suter說。 “即使以低濃度表達,在基因組中尋找最有效的轉錄因子也可以推動基因表達模式的廣泛變化,因此對細胞命運決策過程尤為重要。”

本文由EPFL生物工程研究所提供的材料重新發表。注意:材料可能已根據長度和內容進行了編輯。有關詳細信息,請聯系參考資料來源。

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