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一種免費的開源可視化工具 可以對同源基因進行深入比較

文章作者:www.utbltn.icu發布時間:2020-01-15瀏覽次數:1934

Aequatus是Earlham Institute(EI)開發的一種新型生物信息學工具,可以深入了解不同物種之間的相同線路信息,并提供一個系統,以更好地識別重要的,積極選擇和進化的保守區域。脫氧核糖核酸。

一般而言,密切相關的生物體表現出高度的同質性,即它們沿著染色體具有相似的序列,其中假定具有相同功能的密切相關的基因聚集在物種之間的相似組織中。因此,許多人類基因與哺乳動物高度線性,從黑猩猩到小鼠。

研究生物之間的同源性可以幫助我們確定遺傳區域如何通過進化改變并具有深遠的應用 - 包括更好地了解進化和我們如何形成,幫助研究人類健康和培育更好的作物。

數據基礎設施小組的Anil Thanki說:“我們對Aequatus非常興奮,因為它提供了一種非常直觀的方式來顯示物種之間的同源基因.Eequatus提供了可用于表示基因組數據的最新網絡技術的無縫使用。用戶體驗生物學家通過在基因組水平上比較它們來深入研究同源基因的細節。我們還將此資源與SMART蛋白質域信息服務器相關聯,使研究人員無需切換服務即可獲得相關數據。/p>

屢獲殊榮的實際應用程序

除了在GigaScience上發布Aequatus工具之外,EI Davey集團的主要開發商Anil Thanki還獲得了第13屆中國深圳基因組學國際會議ICG-13獎提名。

Aequatus采用開源技術構建,可提供快速,直觀的基于Web的瀏覽體驗,彌合系統發育變化與遺傳信息之間的差距。

Aequatus開發了一個開源JavaScript庫Aequatus。 js,它保留了完整視覺應用程序的功能,但可以與其他Web應用程序集成,例如非常流行的Galaxy Bioinformatics Workflow Platform。

其中一個應用程序是最近發布的GeneSeqToFamily工具,這是一個基于Ensembl Compara GeneTrees管道的Galaxy工作流程,用于查找基因家族。 Galaxy提供了Aequatus插件,可視化從GeneSeqToFamily獲得的基因家族。

一種新的,更完整的可視化工具

傳統的系統發育樹(家譜中共享祖先的可視化)提供線性概述,而Aequatus還提供有關基因結構變化的信息,包括對應于表型(外觀)變化的變化。

使用“指導”基因作為參考,基于比對定位其他基因(序列相似性分析,或其DNA或蛋白質序列彼此接近的程度)。從開源數據庫,Ensembl Compara和Ensembl Core中檢索比較,并且Aequatus處理比較和特征數據,以基于共享的顏色匹配方案提供物種間的系統發育和結構變化的視覺表示。

使用Aequatus工具可視化典型的基因樹。

這有助于可視化同源區域,同時還允許識別基因變化,例如插入或缺失,黑條代表與“指南”相比特定于給定基因的插入。

總體而言,Aequatus提供了一種獨特的方式來探索迄今尚未實現的各種物種基因之間的復雜關系。 Aequatus不僅適用于高質量的參考基因組,包括小鼠和人類,也適用于難以組裝或非模型的生物。

最新版本的Aequatus還支持Ensembl REST API,它直接從Ensembl服務器檢索數據,不需要使用本地數據來提高Aequatus的可移植性。

數據基礎設施集團負責人Rob Davey補充道:“很高興看到這項工作在國際會議上發布,并且確實被選中。這表明基因組數據的可視化仍然是一個活躍且有價值的研究領域,而Aequatus確實可以幫助研究人員獲得關于他們感興趣的基因和生物的更細粒度的信息。“

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