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Nature Methods:極準確的新測序技術

文章作者:www.utbltn.icu發布時間:2019-10-01瀏覽次數:779

傳統的高通量測序產生了許多錯誤,掩蓋了基因組中罕見的突變。不久前,科學家們開發了一種新的測序方法,成功地將信號和背景噪聲分離出來,從而獲得極其精確的測序結果。

腫瘤是一種異質細胞的混合物,可以通過測序來檢測,但成本較高,容易出錯。華盛頓大學的研究團隊開發了一種新的測序技術,將目標序列純化與高精度DNA測序相結合。這一成果發表在最近一期的《自然方法》上。

華盛頓大學的資深作者勞倫斯勒布說:“這項技術可以幫助人們檢測對靶向藥物有抵抗力的突變,并更好地監測癌癥的復發。”它可以與全基因組測序相結合,為癌癥治療提供指導。

這種測序技術使用兩個生物素化的DNA寡核苷酸進行兩輪捕獲,然后進行雙測序。雙測序是Loeb等人先前開發的一種高精度測序技術。它使用一個特殊的分子標記來分別擴增和測序兩條DNA鏈。如果在兩條鏈的同一位置發生突變,則認為該突變是真的;如果僅在一條鏈上發生突變,則認為該突變是序列錯誤。

研究人員使用生物素化探針捕獲人類基因組中abl1基因的外顯子。abl1基因與伊馬替尼耐藥有關,伊馬替尼是一種治療慢性粒細胞白血病CML的藥物。他們通過兩輪捕獲(與傳統方法相比)獲得了極高的序列深度和覆蓋率。(擴展閱讀:遺傳學大牛自然發表新技術:單分子相互作用測序)

研究人員選擇了一名在伊馬替尼治療后復發的CML患者。傳統的高通量測序未發現任何與耐藥性相關的突變,他們的新技術確定了E279K突變,已知其對伊馬替尼具有抗性。

外顯子或基因組的雙重測序是昂貴的,但是該技術適用于測序較小的基因組區域,例如人類樣品中的人外顯子或病毒序列。

研究人員將利用這項技術研究不同癌癥患者的藥物敏感性和疾病復發風險。他們還將進一步優化該技術以對單個循環癌細胞進行測序。 “除癌癥外,這項技術還可用于法醫檢驗,”華盛頓大學的Michael Schmitt說,該文章的第一作者。 “這項技術可以幫助人們解決更多生物問題。”

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