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優雅的技巧改善了單細胞RNA測序

文章作者:www.utbltn.icu發布時間:2020-01-16瀏覽次數:1826

液滴微流體技術徹底改變了單細胞RNA測序,為單細胞基因組學提供了低成本,高通量的方法。然而,這種方法在捕獲完整RNA轉錄信息的能力方面受到限制。

康奈爾的研究人員 - 由Meinig生物醫學工程學院助理教授Iwijn De Vlaminck領導 - 提出了一種優雅,低成本的方法來解決這個問題。它不僅促進了單細胞基因組學的發展,也為感染和免疫生物學研究提供了新的途徑。

最近,“單細胞中的多重擴增子測序和轉錄組分析”發表在Nature Methods上。 De Vlaminck實驗室的博士后研究員Fridumita Saikia博士和博士的Philip Burnham博士。學生,是主要作者。

貝克獸醫研究所助理教授Charles Denko和貝克研究所病毒學副教授John Parker也做出了貢獻。

2015年,來自哈佛大學和麻省理工學院的研究人員介紹了Drop-seq,這是一種同時有效表征數千種細胞身份的方法,使用納米級液滴并附著在每個細胞的RNA上。唯一標識符。

“這些技術非常受歡迎,因為它們降低了這些類型的分析成本并使它們民主化,使它們非常便宜并且易于為許多實驗室做,”De Vlaminck說。

然而,缺點是它們僅識別某些類型的信使RNA(mRNA)分子,這限制了潛在分析的范圍。信使RNA攜帶在翻譯過程中從DNA復制的遺傳信息。

De Vlaminck和他的合作者提出了對現有Drop-seq方案的簡單,廉價的改進,并稱他們的新方法DART-seq(通過單細胞測序的液滴輔助RNA靶向)。

在Drop-seq中,單個細胞用標記的微粒包封,其啟動細胞mRNA的逆轉錄。 De Vlaminck團隊在常規Drop-seq分析之前設計了一種酶酶定制酶的有效方法,該方法允許回收和分析比Drop-seq測序獲得的更多種類的分子。

此外,該技術可識別病毒感染的細胞并量化病毒和宿主基因的表達,從而能夠檢測宿主對單細胞感染水平的反應。

“各種病毒可能非常多樣化,這種多樣性使他們能夠做出非凡的事情,”伯納姆說。 “因此,如果您可以縮小到單細胞水平,您實際上可以看到病毒的微小變化會導致細胞對這種小突變的反應發生巨大變化。”

Saikia與獸醫學院有雙重任命,他相信DART-seq也將有助于為治療癌癥的新途徑提供信息。

“細胞癌是一個非常不同的群體,”她說。 “當你不在單細胞水平上看它們時,你經常會錯過重要的信息。所以我們的技術允許它。”

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